L'archipel de Zanzibar est soumis à un climat équatorial caractérisé par 2 saisons des pluies : la plus importante appelée masika se situe de mars à fin mai alors que la seconde, appelée vuli, plus courte se situe de mi-octobre à décembre. Entre les deux s'installe une saison sèche principalement de juin à octobre. Le mois de février est le plus chaud et celui d'août le plus frais. Trop proches de l'équateur, les îles de l'archipel de Zanzibar sont épargnées par les cyclones.

Alors que l'Est des îles ne se prête pas à l'agriculture du fait de son sol corallien de faible épaisseur, l'Ouest des îles d'Unguja et de Pemba abritent des cultures de girofliers (clou de girofle), de riz et de cocotiers (noix de coco) mais uniquement sur l'île d'Unguja.

L'archipel de Zanzibar abrite une espèce de singe endémique qui vit dans la forêt de Jozani: le singe colobe rouge. Le singe colobe rouge vit en groupe d'une quarantaine d'individus. Il a la particularité de disposer de 4 estomacs et se nourrit de fruits verts et de feuilles dures.

La faune sous-marine est particulièrement riche et variée et les fonds sous-marins sont d'une remarquable beauté, sur la côte Est et autour de la petite île de Chumbe, près de Zanzibar City.

Classés parmis les plus beaux sites de plongée au monde, les fonds sous-marins de l'île de Pemba sont encore méconnus. La visibilité peut atteindre jusqu'à 50 mètres de septembre à mars. Au rendez-vous, vous trouverez tortues, requins, thons, mérous, barracudas, etc, …